ไฮเปอร์เธอร์เมีย สามารถทำได้ 2 วิธี คือ การบำบัดด้วยไฮเปอร์เธอเมีย ทั้งระบบในร่างกาย และการบำบัดไฮเปอร์เธอร์เมียแบบเฉพาะที่

• การบำบัดด้วยไฮเปอร์เธอร์เมีย ทั้งระบบในร่างกาย (Systemic Hyperthermia) เป็นการใช้ความร้อนกับทุกระบบของร่างกาย สามารถใช้ประโยชน์ในการรักษาโรคทั่วๆ ไป อาทิ มีไข้ เป็นหวัด และต้องการเสริมภูมิคุ้มกันเพื่อให้หายเร็วขึ้น ใช้ในกรณีเป็นมะเร็งที่มีการแพร่กระจาย กลไกลของการบำบัดนี้ยังมีส่วนช่วยในการขจัดสารพิษ เพราะเป็นการกระตุ้นการไหลเวียนของเลือด หลักการทำงานของไฮเปอร์เธอร์เมียแบบทั้งระบบในร่างกายจะใช้ Radiofrequencies Electro Hyperthermia ซึ่งกระตุ้นด้วยไฟฟ้าจากภายนอกเพื่อเพิ่มระดับของอุณหภูมิ โดยสามารถเลือกระดับพลังงาน ระยะเวลา ในการตอบสนองการรักษาเพื่อให้สัมพันธ์กับการบำบัดสำหรับแต่ละบุคคล อีกทั้งการส่งผ่านความร้อนสามารถเข้าถึง  ภายในร่างกายได้เป็นอย่างดี จึงไม่ได้รู้สึกร้อนเฉพาะผิวหนังภายนอกเท่านั้น
• การบำบัดด้วยไฮเปอร์เธอร์เมียแบบเฉพาะที่ (Local Hyperthermia) เป็นการเลือกทำไฮเปอร์เธอร์เมียเฉพาะส่วน ซึ่งการศึกษาทางคลินิกพบว่าวิธีนี้ส่งผลดีในการเพิ่มศักยภาพการรักษามะเร็งเต้านมเมื่อใช้ร่วมกับวิธีการรักษาอื่นๆ สำหรับการบำบัดวิธีนี้จะไม่ใช้กับสมองเพราะอาจทำให้เกิดผิวหนังไหม้ได้ ซึ่งผู้รับบริการสามารถกดปุ่มตัดได้ด้วยตนเองทันทีกรณีรู้สึกร้อนเกินไป ถึงแม้จะมีเจ้าหน้าที่คอยดูแลตลอดอยู่ก็ตาม โดยหลักการทำงานของไฮเปอร์เธอร์เมียแบบเฉพาะที่นั้น สามารถใช้ได้ทั้ง Radiofrequencies Electro Hyperthermia และ Magnetic Electro Hyperthermia